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1989年至1992年,吴奇在德国巴斯夫公司工作,先为洪堡基金会Fellow,在Dieter Horn博士的指导下同Wolfgang Schrof博士合作一年;后获永久雇用,担任固体和高分子物理部、分散体系组激光光散射实验室主管。
1992年,吴奇辞去德国巴斯夫公司永久职位后,前往香港中文大学任教,任英制讲师(Lecturer)。
1995年,吴奇受聘为中国科学技术大学化学物理系教授。
1996年至1999年,吴奇担任香港中文大学教授。
1996年,吴奇获国家杰出青年基金资助。
2003年,吴奇当选为中国科学院院士。
2004年,吴奇担任合肥微尺度物质科学国家实验室低维物理与化学研究部主任。
2005年1月起,吴奇受聘担任中国科学技术大学化学学院院长。
从业之路解码