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2006年-2012年间，方精云担任中国科学院生命科学与医学学部常委。
2007年10月-2008年02月间，方精云在德国柏林自由大学（Freie Universit?t Berlin）做访问学者。
其间在2007年，方精云担任北京大学城市与环境学院学术委员会主任。
2008年，方精云当选为发展中国家科学院院士。
2010年08月-2016年7月间，方精云担任中国科学院植物研究所所长。
其间在2010年，方精云担任北京大学理学部委员。
2017年，方精云担任北京大学城市与环境学院教授。
2019年4月23日，方精云担任云南大学校长。
2022年8月，方精云当选为欧洲科学院外籍院士。
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