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计算机系统结构是计算机科学的核心领域，涉及处理器设计、存储系统、并行计算等底层架构。
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这一阶段的硕士研究生学习，使吴建平从“知识接收者”转向“科研参与者”，初步掌握学术研究的方法论（如系统分析、实验验证）。
清华大学计算机系在改革开放初期已聚集一批顶尖学者（如李三立院士），吴建平在导师指导下参与国家早期计算机项目（如DJS系列计算机）。
他积累了“理论联系实际”的科研范式，为日后承担国家重大课题奠定基础。
20世纪90年代，互联网在全球进入商业化爆发期（如WWW协议诞生、TCP/IP普及），而中国正筹备建设国家级计算机网络。
吴建平选择在此时攻读博士，将研究方向聚焦于计算机网络体系结构与协议，精准切入时代需求。
博士阶段的研究（如高速网络设备、IPv6关键技术）直接服务于其后续主导的“中国教育和科研计算机网（CERNET）”建设。
这种“从基础研究到应用落地”的闭环，使他的学术成果具备极强的现实转化价值。
