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1991年—1994年间，徐建国担任中国预防医学科学院流行病学微生物学研究所微生物室副主任。
1994年，破格晋升为研究员。
1994年—1995年间，徐建国担任中国预防医学科学院流行病学微生物学研究所微生物室主任。
1995年8月—1998年间，徐建国担任中国预防医学科学院流行病学微生物学研究所副所长。
1996年，徐建国获得国家杰出青年科学基金资助。
1998年8月—2002年间，徐建国担任中国预防医学科学院流行病学微生物学研究所所长。
2002年3月—2020年间，徐建国担任中国疾病预防控制中心传染病预防控制所所长。
2005年，徐建国担任传染病预防控制国家重点实验室主任。
2011年12月，徐建国当选为中国工程院院士。
2019年12月，中国疾病预防控制中心第二届学术委员会成立，徐建国当选为主任委员。
