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他制作的高密度分子标记连锁图以及定位的大量水稻重要主效基因和数量性状基因，都是其杰出科研成果的体现。
张启发院士利用先进的分子标记技术，成功制作了高密度分子标记连锁图。
这一连锁图不仅覆盖了水稻的全基因组，而且标记密度极高，为后续的基因定位和克隆工作提供了坚实的基础。
通过这一连锁图，研究者们可以更加精确地确定基因在水稻染色体上的位置，进而深入了解基因的功能和作用机制。
在此基础上，张启发院士进一步定位了20余个水稻的重要主效基因。
这些主效基因涉及水稻的多个重要性状，如产量、品质、抗性等。
通过深入研究这些基因的结构和功能，张启发院士团队为水稻的遗传改良和品种优化，提供了重要的理论依据和实践指导。
此外，张启发院士还定位了大量数量性状基因。
数量性状基因是影响水稻多个性状表现的基因，它们的定位有助于揭示水稻复杂性状的遗传基础。
通过定位这些基因，张启发院士团队为水稻的育种工作提供了更加丰富的基因资源和选择手段。
