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1981年，樊代明在第四军医大学西京医院消化科工作。
1990年，樊代明担任第四军医大学西京医院消化科副主任、教授。
1994年，樊代明获得首批国家杰出青年科学基金资助。
1995年，樊代明入选国家“百千万人才工程”第一层次人选。
1995年以后，樊代明担任第四军医大学西京医院全军消化科主任、消化病病研究所所长。
2000年，樊代明被国家自然基金委批准为首批创新研究群体学术带头人。
2001年，樊代明当选为中国工程院院士。
2004年以后，樊代明担任第四军医大学副校长。
2006年，樊代明担任肿瘤生物学国家重点实验室主任。
2007年以后，樊代明担任第四军医大学西京消化病医院院长、第四军医大学校长。