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其中哌虫啶、环氧虫啶、氟唑活化酯三个创制品种获得登记，为农业生产中的病虫害防治和植物健康管理提供了更环保、高效的解决方案。
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钱旭红院士创制分子识别传感和检测分离一体化的萘酰亚胺等芳杂环类荧光染料，可用于检测环境及生物体系中的各种离子、小分子、生物大分子等，在生物分析、医学诊断及环境监测等领域有重要应用。
钱旭红院士提出立体架构染料的策略，解决了红外染料稳定性低的瓶颈，并成功开发三个系列最大吸收波长在800-1400nm波段的超高稳定、超强吸收的红外染料新母核且完成产品化，推动了染料在信息、生命等新兴领域的应用。
在人工核酸酶方面，钱旭红院士研究了由萘酰亚胺、硫杂环衍生的人工光核酸酶、人工核酸水解酶及DNA切断剂等，还涉及生物制备过程中转基因物质的去除。
对于细胞激活剂，钱旭红研究了由茉莉酮酸酯、苯并噻二唑等衍生的细胞激活剂，可用于人参、紫杉烷、灵芝等的次生代谢物的增产与调控。
在生物转化领域，钱旭红开展了酵母、植物细胞催化或导致的刚性芳香与杂环化合物的硝基及酮立体选择性还原、化学选择性还原等研究。
钱旭红院士着有《新文艺随笔：改变思维》《老子思维》等作品，从不同角度探讨了思维、知识、学科等多方面的问题
钱旭红院士发表论文350余篇，他引8000余次，10篇代表论文他引2500余次，其研究成果在国际学术界产生了广泛影响。
