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1995年-1997年，侯建国担任中国科学技术大学基础物理中心副主任。
1995年，侯建国获得国家杰出青年科学基金资助。
1997年-1999年，侯建国担任中国科学技术大学结构成分分析中心主任。
1999年-2000年，侯建国担任中国科学技术大学理化科学中心主任。
2000年-2005年，侯建国担任中国科学技术大学副校长。
2003年11月，侯建国当选为中国科学院院士。
2005年以后，侯建国先后担任中国科学技术大学常务副校长、校长。
2018年以后，侯建国先后担任中国科学院副院长、院长。
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