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2005年度，李校堃入选教育部新世纪优秀人才。
2007年—2008年间，李校堃在美国哈佛大学、路易斯维尔大学，做高级访问学者。
2007年4月，李校堃入选国家人事部2006年“新世纪百千万人才工程”国家级人选。
2013年1月—2015年7月间，李校堃担任温州医科大学副校长。
2014年5月，李校堃入选“万人计划”第一批教学名师。
2015年1月，李校堃入选第四批浙江省特级专家。
2015年8月—2018年4月间，李校堃担任温州大学校长。
2018年4月，李校堃担任温州医科大学校长。
2019年11月22日，李校堃当选为中国工程院院士。
2020年4月12日，温州医科大学病毒研究院正式揭牌成立，李校堃担任研究院院长；9月，担任海西医学联盟主席。
