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不过最大的转变还是来自于玄圣掌权之后，当时道门远不像今日这般财大气粗，没有那么多飞舟往来于各地，昆仑远在西域，交通不便，需要一个代替所在。
当时呼声最高的是蓬莱岛和云锦山，不过两者一南一北，又素来不和，无论用谁，都会招致另外一方的不满，很难做到一碗水端平，而且地理位置上也不算很好，如果选择蓬莱岛，距离西域蜀州等地太远，如果选择云锦山，距离辽东等地又太远。
地肺山刚好位于天下之中，处于蓬莱岛和云锦山之间，成为一个合适的折中所在。于是玄圣将地肺山拔高到道门“副都”的地位，动用大量人力物力，第二次修缮地肺山，重建已经破败不堪的万寿重阳宫。
第二次的修缮远胜于第一次，终于使得地肺山焕然一新，又增设了新的阵法。当时正是儒道相争的关键时期，为了彰显副都的地位，阵法使得万寿重阳宫清晰
可见，进入地肺山境内之后，无论身在何处，又是何种方向，抬头就能看到山巅上方的万寿重阳宫，殿宇巍峨，层层叠叠，有泰山压顶之势，人立其下，倍感自身渺小，如果不得其法，无法进入万寿重阳宫，那么万寿重阳宫始终都是可望不可即。
凡夫俗子见此情景，无不被折服，时至今日，还有信众香客不远万里来到地肺山朝圣。
在此后的一段时间里，地肺山万寿重阳宫成为了大掌教行在。
直到天下大定，玄圣返回昆仑紫霄宫，地肺山才由地师接手。
时至今日，地肺山虽然已经不再是道门的副都，但仍旧地位尊崇。
