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另一方面，北京地理位置更加利于对抗蒙古、控制北方，所以朱棣决定迁都。到了永乐十八年，北京宫殿营建完毕，朱棣彻底决定迁都北京，而改南京为留都，但是这并不代表明朝从此就把北京当成唯一的都城了。
朱棣死后，明仁宗朱高炽一度想要迁都回到南京，后来明宣宗及时叫停，从此北京的地位才开始稳固。
都城迁了，但并不代表机构也完全搬过来了。当时的情况是南京的衙门由于在迁都过程之中还得审理案子，维持全国运转，所以就没有裁撤，而迁都完成之后南京衙门就没用了，所以永乐后期南京的六部前面全部加上“南京”二字，这样也就形成了明朝独具特色的南京六部。
南京的六部相比北京的六部，其实看上去也没差太多。根据大明朝廷的制度，六部各设有尚书一人、左右侍郎各一人，都察院设有左右都御使、左右副都御史、左右全都御史，下辖十三道监察御史一百一十人。
这些机构南京也是有的，但与北京六部仍有区别：南京的六部是没有左侍郎的，吏部的衙门也没有员外郎，南京都察院也没有左都御史。
南京六部平时基本上没有什么事，比如南京刑部只能管理南京的案件，别的地方的案件无权审理；南京的吏部也是只能考核南京地区的官员。大部分的南京衙门都是养老的圣地，大家从北京退休就到南京享受待遇，不亦快哉。
但是这并不代表南京的衙门就不重要了，作为巩固大明帝国陪都的系统，南京六部在关键时刻还是能发挥作用的，至少直接就能接管半壁江山，可见平时大家都认可“南京管理南方”这一思路。不过平时南京的最高行政机构却不是南京的六部，而是南京的“守备会议”。
南京平时是设立一个守备的，作为替天子看守南京的存在，南京守备大部分都是王公大臣，其中绝大多数时候由魏国公出任。而由守备、参赞、内守备等官组成的守备厅会议，则是南京最高权力所在。
这个组成有一定的制度性，其中南京参赞机务是南京兵部尚书兼任的，所以南京兵部尚书也是南京六部里面作为特殊的存在，它确实是有实权的，而且实权很大，所谓：“故其职视五部为特重云”。
