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但五府分权并没有彻底打消朱元璋对于军权过重的顾虑。用于分治兵权的办法，除了五府五军相制这种武臣互制之外，最主要的便是利用文官系统中的兵部去制衡五府。
其实，早在中书省和大都督府尚未废除之时，这种相制之法就己开始实施。当时，命中书省兵部定给武官诰敕之制。在程序方面不但需要由大都督府将武官资料转交兵部，又考功监察对其资格审査，再移交翰林院撰文，司文监校勘，中书舍人书写然后在交由承敕、考功二监等等，一系列繁杂的文移手续之后，兵部才能给予升授。整个过程当中，兵部和大都督府都不可以专擅武官的选用。
最重要的是，兵部设立之后有奉旨调兵之权而无统兵权，五府有统兵之权而无权调兵，“凡军制内外相维，武官不得辄下符朝廷征发”。遇有战事发生，由皇帝命将为帅，兵部奉旨调兵，调五府所掌辖卫所之兵佩印出征。军还即归印于朝，兵回卫所。
在这样的模式下，最大限度朝廷的避免了武将专权的可能性，也使得文武相制的原则在国家制度朝廷层面上确定下来。
总体说来，五府在洪武年间还是具有一定的权势和地位，由于五府堂上官皆由公侯伯推选，掌握五府机构运转的主要官员均为武臣，所以五府在一定程度上来说，即为武臣势力在中枢的代表。
五府代表着武臣在国家当中所占有的地位，其品级高于六部，拥有参政权，可以统辖当时大明的主要军事力量，这也为朱元璋所认可，并定以为制。
然而，在众所周知的大肆杀戮功臣之后，五府的力量大为削弱。比如在胡惟庸之狱中被诛杀的延安侯唐胜宗，平凉侯费聚和吉安侯陆仲亨，就曾任大都督府同知、佥事。以及在蓝玉党案中被诛杀的蓝玉本人，以及鹤寿侯张翼、舶胪侯朱寿、定远侯王弼，都曾就任大都督府高级长官（同知、佥事）。
因此也可以说，朱元璋对武臣大加杀戮，背后原因之一就是对于五府军权的掌控。
再然后，到了英宗土木之变，随着张辅之死，五府的势力在朝廷中枢几乎被一扫而空。而与此同时，中枢之中由文官所掌握的兵部从于谦设置团营起，重要性开始出现飞跃，就更加使得五府的地位一蹶不振。这两点本书前文有述，就不多说了。
但是，五府的衰落绝不仅仅只是由于其首脑人物被打压或者战死，其中还有更加深刻的内在因素，而这个内在因素才是眼下高务实关注的重点。
